単純に系統樹を描かせるだけなら無償版でも可能。
TreeView Xよりは使い勝手が良いかも。
ただし，無償版は機能がかなり制限されているので，
シーケンスの波形ファイルの解析やアライメントなど，
その他諸々の機能を使うならGeneious Pro（有料）を購入する必要有り。
（今回の作業の流れ）
MAFFTでアライメント＆系統樹を描画
↓
NEXUSフォーマットで系統樹の情報を出力
↓
Geneiousで上記のファイルをインポート
描画した系統樹の出力は無償版ではJPGかPNGに限られる（仕方ない・・・）。