プライマーデザイン

Primer3Plus
https://primer3plus.com

OligoAnalyzer3.1
http://sg.idtdna.com/calc/analyzer

Multiple Primer Analyzer
https://www.thermofisher.com/jp/ja/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library/thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html

Amplify4
https://engels.genetics.wisc.edu/amplify/

マイクロサテライトのプライマーをデザインする

中央水研の中村さんという方が作られたAuto-Primerを使ってみる。
http://nrifs.fra.affrc.go.jp/ResearchCenter/5_AG/bioinfo/autoprimer/index_j.html

Primer3とTandem repeats finderはすでにインストールしてるので，下記URLのマニュアルに従ってそれぞれインストールしたディレクトリを書き換える。
http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/How_to_Install_for_Linux.txt

GO termのカウント

#意地でもExcelでやるマイクロアレイデータ解析
#現状は単なる備忘録なので，わかりにくいところが多々あります，念のため
#Excelを使ってAnnotated GO termの種類を数えて，重複を除く方法
#GO termは前もってBlast2GO等を使って取得しておく
“GO_ID”と”GO_term”，termの数を各列に表示
↓
“GO_ID”で昇べきにソート
↓
（GO_num）
「COUNTIF」関数で”GO_ID”全体を対象範囲とし，各行の”GO_ID”の数を算出
【例】COUNTIF($A$2:$A$1000,A2)
↓
出力結果を隣の列に「値のみ」コピー＆ペースト
↓
元の出力結果を削除
↓
（Redund）
「IF」関数で各行の”GO_ID”と，そのひとつ上の行の”GO_ID”が等しいという論理式を作成し，真の場合”0″，偽の場合”1″とする
【例】IF(A3=A2,0,1)
↓
出力結果を隣の列に「値のみ」コピー＆ペースト
↓
元の出力結果を削除
↓
“Redund”で昇べきにソート
↓
“Redund” = “0″を削除（重複しているterm）
#MS AccessまたはFileMakerでデータベース作成
#GO_IDをリレーションで繋いで，FlagPに含まれるものをすべて出力させる

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Geneiousでの系統樹の描画

Geneious

単純に系統樹を描かせるだけなら無償版でも可能。
TreeView Xよりは使い勝手が良いかも。
ただし，無償版は機能がかなり制限されているので，
シーケンスの波形ファイルの解析やアライメントなど，
その他諸々の機能を使うならGeneious Pro（有料）を購入する必要有り。

（今回の作業の流れ）
MAFFTでアライメント＆系統樹を描画
↓
NEXUSフォーマットで系統樹の情報を出力
↓
Geneiousで上記のファイルをインポート

描画した系統樹の出力は無償版ではJPGかPNGに限られる（仕方ない・・・）。

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